Vitrajové okno s motivem Stromu Jesse (nebo také Jišajova) se nachází na severní straně západní fasády. V katedrální symbolice je severní strana stranou stínu a očekávání. Výjevy na okně vynikají na pozadí slavné „chartreské modři“ typické pro 12. století. Na historické hodnotě přidává oknu zejména bordura bohatě zdobená navzájem se proplétajícími rostlinými motivy.
Námět, který je na něm znázorněn, odkazuje na Izajášovo proroctví o příchodu Krista : „I vzejde proutek z pařezu Jišajova a výhonek z jeho kořenů vydá ovoce. Na něm spočine duch Hospodinův: duch moudrosti a rozumnosti, duch rady a bohatýrské síly, duch poznání a bázně Hospodinovy“ (Iz 11, 1-2). Symbolika je obdobná jako v příběhu s Áronovou holí v knize Exodus či s Josefovou holí v Apokryfech: jedinec, jenž je představován holí (prutem, výhonem), která přes noc zázračně vykvete a vydá plody, je označen za vyvoleného, předurčeného mít potomky, kteří budou nějakým způsobem významní a důležití pro budoucnost celé skupiny (národa). Druhý odkaz je z evangelia sv. Matouše. V první kapitole uváděná genealogie Ježíše Krista zmiňuje, že: „Jesse zplodil krále Davida“. Poté následovalo 28 generací do narození Mesiáše. Kořenem je míněn Jišaj, květ představuje Pannu Marii a ovoce Ježíše, Mesiáše, syna Davidova. O tom je přesvědčen i sv. Jan, když ve svém Zjevení (Apokalypse) píše Ježíšovým jménem: „Já jsem potomek rodu Davidova, jasná hvězda jitřní“ (Zj 22, 16).
Umělec ve dvanáctém století blíže interpretuje výše uvedené. Krisus sedí na vrcholku stromu, jehož kořeny vyrůstají z Jišajova klína. Ve vidlicích větví sedí judští králové a Panna Marie. Sedm holubic obklopujících tělo Ježíše Krista symbolizuje dary Ducha Svatého zmiňované v Izajášově textu. Proroci, kteří předpovídali příchod Mesiáše, jsou znázornění vertikálně po obou stranách okna. Jsou bosí a v rukou drží každý stuhu se svým jménem. Jsou požehnáni rukou boží ve formě holubic, které se vznášejí nad jejich hlavami.
Strom Jišajův je téma, které se vrací do křesťanské ikonografie v období raného středověku. Od jedenáctého století je historikům znám bronzový svícen z Westminsterské katedrály nazývaný „Jesse“. Avšak kanovník Delaporte (Delaporte, Yves (1879-1979), archivář diecéze v Chartres od r. 1904 až do své smrti – pozn. O.V.) na základě spisů Émile Mâla (fr. historik, odborník na křesťanský středověk a člen Francouzské Akademie věd (1862-1954) – pozn. O.V.) soudí, že se v této podobě Strom Jišajův nevyskytoval před rokem 1144 a datuje vitraj do doby Saint-Denis. Také proto, že opatu Sugerovi (představený kostela St.-Denis) se připisuje „otcovství“ stromů Jessé. Vitraj z Chartres byla vyrobena kolem roku 1150. Je tedy časově dost blízko stejnému oknu ze Saint-Denis a pravděpodobně byla zhotovena i stejným umělcem. V 15. a 16. století se námět Jišajova stromu stal zvlášť oblíbeným tématem umělců, bezpochyby proto, že oceňovali jeho symboliku. Zmizel na počátku renesance.
Králové, Ježíšovi pokrevní předci, jsou znázorněni ve čtvercích, které představují stvořený svět, tedy zemi. Čtverec je ztělesněním hmotného světa. Z čísel ho symbolizuje čtyřka, která je číslem úplnosti. Proto jsou králové jen čtyři; jejich počet (4) symbolizuje všechny krále, tedy i ty, kteří zde nemohli být znázorněni. Kruh, který nemá začátku ani konce, je naproti tomu symbolem Boha a Ducha. Na vitraji jsou proroci znázorněni v polokruzích; říká se tím, že jsou to spirituální předkové Ježíše. Sedmička byla považována za dokonalé číslo (i dnes ji pokládáme přinejmeším za šťastnou). Na okně je zastoupena v kompozici rozdělené do sedmi registrů. Sedm holubic obklopuje hlavu Krista, představují sedm darů Ducha svatého (viz výše). Sedmička je také potvrzením Ježíšovy dokonalosti, spojení jeho lidství a božství. Číslo čtrnáct (2 x 7) symbolizuje dokonalost Stvoření. Ježíšův rodokmen sepsaný v úvodu Matoušova evangelia je členěn do tří částí po sedmi generacích. Čtrnácka je znakem královského původu symbolizuje Davida, který se zapisuje DVD ( v hebrejštině se nepíší samohlásky). Jelikož má každé písmeno v hebrejské abecedě přiřazenou číselnou hodnotu (tzv. Gematrie), číselným součtem jména David je 14 (4 + 6 + 4). Čtrnáctero je i proroků znázorněných na této vitraji.
Již první kapetovci přijali zvyk pomázavat své syny ještě během svého života jako potvrzení jejich následnictví. Ve 12. století se Ludvík VI. a Ludvík VII. zavázali posílit autoritu monarchie a předávat si moc dědičně (za pomoci svého prvního ministra, opata ze Saint-Denis, pro něhož byli francouzští králové stejně posvátní jako židovští). Svatým pomazáním získali svou moc od boha prostřednictvím (z rukou) představitele církve. Tak se počínaje Filipem Augustem, synem Ludvíka VII. stal královský majestát a původ dědičnou záležitostí. Modrá barva dominující tomuto oknu se také od 12. století stává královskou barvou. Každý král na vitraji je orámován dvěma proroky. Proroci jsou chápáni jako královi rádci. Připomínají mu, že morální hranice nesmí být překračovány. Suger nebyl jen tím, kdo připomínal francouzským králům jejich povinnosti, hrál tak trochu roli proroka…